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柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。r杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。r在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶

由“黑色”裁决“黑色”——德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！目标的共同点是？组织的目的是？不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。宿命的相遇，突然——东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。r服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 r　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” r　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… r　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质

20世纪50年代末期，曾经风靡一时的剧场风云变幻，人们迷恋电视、迷恋摇滚，对于曾经伴随他们长大的各种杂耍则不再关注。他是一个经验丰富的魔术师，舞台上得体从容，现实中却不得不为了可怜的生活费而流转于各个表演场所，上至华贵的音乐厅，下至破落偏僻的小酒馆，不变的是他对魔术的执着。在苏格兰某个乡间逗留时，魔术师结识了一个小女孩，她感叹于那些神奇的魔法，于是偷偷离开故乡，转而追随魔术师的脚步。

冷战时期的1963年，德国女汽车技师嘉比的父亲是一个核武器专家。美国CIA特工拿破仑·索罗因为过去有过罪行而被逼迫执行任务；而苏联国家安全委员会特工伊利亚·柯利亚肯则一直想要摆脱父亲是个贪污分子的羞耻感。索罗和柯利亚肯盯上了同一个目标，他们都怀疑嘉比的父亲正在被纳粹利用，可能在帮助恐怖分子集团制造核武器...