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　　那个世界，无论到哪里都在预料之外 　　无论哪里，无论哪里都是由隧道连接着的地下世界。虽然那里的人住在黑暗封闭的空间里，但他们却穿着防护衣过着宁静快乐的日子。地底集落的公主——帕特玛是爱在地下隧道中到处探索的女孩。她最喜欢的地方是被当地人禁止进入的“危险地区”。即使挨骂也阻止 不了帕特玛的好奇心。毕竟从来没人说过那所谓的“危险”究竟是什么。有一天，在去“危险地区”探险的途中，帕特玛终于遇到难以想象的事件，一步步发现了惊人的秘密…

第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。

隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。

在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。

《命运石之门》的TV动画完结后，按业界惯例在最后公布了剧场版制作的消息。其实在播出前，5pb的社长志仓千代丸就在推特上公布了这个消息。剧场版为原创剧情 ，时间点是在故事完结前。