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在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介

宇宙世纪0074年。离开了德克萨斯殖民卫星的爱德华･玛斯，伪装自己的身分，以夏亚･阿兹那布尔之名，进入吉翁共和国国防军官学校就读。而与同届的扎比家少爷、卡尔马交情交深的夏亚，两人逐渐两人逐渐受到学生们的推崇。宇宙世纪0077年。终于，学生们以独立为号召，对地球联邦军治安部队展开武装起义。但那也正是揭开夏亚誓言复仇的华丽剧本序幕……。——现在，历史的齿轮即将转动！ "

主人公三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了对少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但CGS受到了摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月当做诱饵后撤退了。少年们的领袖奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们进行反击，而三日月被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。