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宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

宇宙世纪0068年，SIDE 3，慕佐自治共和国。准备发表从地球联邦政府完全独立宣言的吉翁．兹姆．戴肯，突然在演说中倒下并离开人世。戴肯的两位遗孤卡斯巴尔与阿尔黛西亚，其命运有如接下来激烈动荡的时代般，正等着他们…

主人公三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了对少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但CGS受到了摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月当做诱饵后撤退了。少年们的领袖奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们进行反击，而三日月被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。