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自侏罗纪世界的骚乱以来，种类繁多的恐龙在努布拉岛度过了三年无拘无束的时光。然而该岛火山活动频繁，随时有喷发的危险。致力于恐龙保护的克莱尔·戴宁受到班杰明•洛克伍德的邀请。班杰明及其下属伊莱·米尔斯希望她和相关技术人员前往努布拉岛拯救那里的恐龙，并将它们安置在新的栖息地。受到感染的克莱尔设法找来欧文一同前往，欧文则希望救出他亲手驯养的迅猛龙小蓝。当他们踏足这座隔绝之岛时，却发现事情没那么简单。火山蠢蠢欲动，随时爆发，而混乱之中丑恶的阴谋悄然酝酿……

动物基因组学——“帝王组织”研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出，在一群雇佣兵袭击这个机构时，魔斯拉逃了出去。她在一个瀑布包了茧，随后破茧而出，完成了全形态生长。在2014年，哥斯拉被整个世界看到后，“帝王组织”在水下建了一个基地，在这个位于水下好几英里的水中基地中，他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物，那是他们真正的研究核心。