东汉末年，朝政腐败、民不聊生。太平道首领张角组织领导了"黄巾起义"。汉家王朝危在旦夕。涿县刘备、关羽、张飞为恢复汉室杜稷，在楼园结为兄弟，广招贤士，组织队伍。心怀野心的西凉刺史董卓乘机作乱，率大军进京，将吕布收为义子，权倾朝野，废少帝，立陈留王为献帝，从此，挟天子以令诸侯。

2137年、大规模的太阳耀斑出现，高密度的等离子云覆盖太阳系的黄道面的南半面、地球南半球被破坏、17亿人死亡。2225年、地球的卫星轨道上的太空人养成学校，遭受不明攻击，失去控制后，坠落中……。在坠毁前，隐藏在内部的外洋型航宙可潜舰“黑Ryvius”起动。教官全员殉职、避难中的少年少女487人……。

2130年，受第三次世界大战的影响，日本各地均出现了被称为“BS（Black Spot）”的巨大污染区域。“BS”被作为废墟用巨大墙壁隔离，然而不久，这荒芜的大地出现了居民。他们被住在“城市（City）”里的人称为“无用者（Needless）”，而当中也有特殊能力者存在。故事的开端是名为库鲁斯·西尔特的少年，他所属的反抗组织的目标是从西美翁的暴力统治中解放“BS”。在一次与亚当·阿库莱特的战斗中反抗组织被攻破，幸存者库鲁斯只身一人逃进地下水道。在被追兵追赶的时候，救助他的是和阿库莱特相貌相似的阿当·布雷特