本作设定在第一部剧情结束八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活中发生的一连串故事。

游城十代在前往deueru学术高中的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求cronos教授让他同过考试之后就展开了挑战者之路。本作品是继承了动画《游戏王－怪兽之决斗》世界观的新系列第2部。男主角从原作的武藤游戏更换为游城十代，一些基础设定也焕然一新。但舞台与《游戏王－怪兽之决斗》是同一个世界，前作的登场人物也有数名登场。