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某一天，太平洋的中心突然出现了一片新的大陆，后来人们称之为圣洲。圣洲有着与现今所知的人类世界完全不同的生态系统，全新的物种，各种奇妙的自然现象，珍稀的矿物，这片大陆代表着无尽的未知和财富，同时也隐藏着未知的危险。 每年有95万人在圣洲中遇难。主角因又和阿零经营着一家奇怪的店铺——拾人馆，这个店铺的主要业务就是去圣洲中拯救遇到危险而无法逃离的探险家，而他们的冒险就伴随着一次次的救助活动展开……

迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量

本作是高斯奥特曼剧场版三部曲的第二部。第一部是是高斯奥特曼第一次到地球的故事，同时也是高斯奥特曼第一次和春野武藏相遇的故事。本部是衔接高斯奥特曼TV版的故事往后发展的剧情，武藏在去观察朱兰行星的环境时发现朱兰行星的环境已经被怪兽破坏了，就在武藏遭遇危险时高斯奥特曼出现，救下了武藏。后来。武藏去参加好朋友的婚礼，在塞班岛上遇到了外星人晓和外星人仁。他们的故乡因为遭受宇宙怪兽的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，宇宙怪兽却派出侵略者前来袭击地球。危机时刻，消失已久的

高中生·齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！

高中生齐木楠雄拥有着透视、预知、瞬间移动、千里眼等超能力，却因自己的超能力而带来了很多灾难。因此，他封印了超能力，以默默无闻为信条过着平淡的日子。但他的身边总是聚集着不可思议的生物，而风暴般的灾难也不断地袭来。

高中生·齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！

新星历时代，星际联盟建立“伊甸园”系统，令人类摆脱痛苦烦恼。然而，八大星系中仍有1%的人无法接入“伊甸园”，他们被放逐到第八星系，沦为“残次品”。彼时，联盟上将林静恒被人陷害，颠沛流离至第八星系，与心

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他

民国时期，发生了一场“异人世界”的重大骚乱，对后世影响深远，1944年，在四川深山突然出现一个奇怪的女孩——冯宝宝，为调查自己的身世和自己的长生不老之谜，许多年以后冯宝宝根据那场骚乱的罪魁祸首提供的信

迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量