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这是关于你的故事。是在你体内的故事——。人类的细胞数量，约为37兆个（新说）。细胞们在名为身体的世界中，今天也在精神满满无休无眠地工作。运输氧气的红血球、与细菌战斗的白血球……那里有关于细胞们的不为人知的戏剧。随着新的细胞、新的细菌与病毒一起登场的全新展开！

位于叶佩特斯半岛，以700年历史而自豪的大国——奥尔坦西亚王国。王国的丰穰土地受到周边国的觊觎，数次暴露在侵略的威胁之下，但侍奉王国的两大公国——奥利维亚公国和科美利亚公国化作王国的剑和盾，使得王国在漫长的岁月中免于战祸。然而，圣王历767年12月5日，科美利亚公国突然对奥尔坦西亚王国掀起反旗。科美利亚公国的反叛，以及在叛乱的同时现身的魔物，使得奥尔坦西亚王国迎来了混乱时代……在战乱的世间，陷身于多舛命运之中的骑士们。由悲剧开始，宿命的继承与战斗，就此启动。

这个世界上没有一件事，经得住一声“咔嚓”。\n　　这家诡异的理发馆，它不存在于任何时间，也不属于任何地方，只有当它想让你找到它的时候，才会突然出现在你面前，而你，无法拒绝——当它的霓虹灯在你面前亮起的

人们与怪物共存的剑与魔法的大陆“纳拉尔岛”。那里曾经存在恐怖的“魔王”。很久很久以前，初代勇者打倒了出现在纳拉尔岛的魔王——从那以后，魔王在各种时代不断地复活，同时与之对抗的勇者也再度出现……少女们为了打倒不知何时出现的魔王，而在冒险者学校就读。稍微有些脱线却具备勇者体质的尤夏。因为过于认真而一直很辛苦的精灵圣者塞拉。喜欢吃东西的开朗战士法伊。安静的狂热魔法使梅。以成立勇者小队为目标的4人，无论过了多久都没有一点要打倒魔王样子的悠闲奇幻生活开始了。

宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。

几个原本毫不相干的人，共同上了同一座电梯；但恐怖的事情发生了，所有人都意想不到的是，这座电梯会因为一起恐怖袭击而彻底停止运转，并且卡在了高层不能上下，这给电梯中的人都造成了极大的恐慌。而在总控制室内，

在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

宇宙世纪0068年，SIDE 3，慕佐自治共和国。准备发表从地球联邦政府完全独立宣言的吉翁．兹姆．戴肯，突然在演说中倒下并离开人世。戴肯的两位遗孤卡斯巴尔与阿尔黛西亚，其命运有如接下来激烈动荡的时代般，正等着他们…

自人类移民至太空殖民地以来，经过了数百年的宇宙时代，围绕地球圈霸权的争夺战争结束，大家以为和平的时代终于到来。A.G.101年，突然出现的未知敌人（Unknown Enemy。以下简称“UE”）前来袭击，太空殖民地“天使”完全崩毁，死伤无数。这事件就是“天使的落日”，它让居住于地球圈的人类，再度陷入漫长的苦痛之中，而此事亦为长达一百年的战争揭开序幕。